損失の補償には、権利取得裁決で決められる「土地に関する補償」と明渡裁決で決められる「明渡しに関する補償」の2つがあります。
主な内容は次のとおりです。

土地に関する補償

土地所有者には土地に対する補償が、関係人には土地に関する権利、例えば借地権等の消滅の補償がされます。
この場合、土地の価格は事業認定時を基準に算定されます。
一団として利用されている土地の一部が収用されることによって、不整形な、または過小な土地が残るときは、その残地の価格が減じたことに対する補償（残地補償）がされます。
残地を従来利用していた目的に利用することが困難となる場合には、土地所有者は意見書で残地の収用を請求することができます。
補償金の額は、近傍類地の取引価格等を考慮して算定した事業認定時における相当な価格に、権利取得裁決の時までの物価の変動に応じた修正率を掛けた額となります。ただし、支払請求を行った場合は、支払期限までの修正率を掛けた額となります。

明渡しに関する補償

収用される土地に建物などの物件があるときは、これを移転するための費用が補償されます。

また、営業上の補償、動産移転料、借家人補償など、土地を収用されることによって通常受ける損失が補償されます。

精神的損失や公租公課などに係るものは補償の対象外です。

補償金の額は、明渡裁決時の価格で決められます。

なお、事業認定後に新築・増築などをした建物などについては、あらかじめ知事の承認を受けた場合を除いて損失の補償を請求できません。

損失補償のルール

1 個別払いの原則

損失の補償は、原則として各人別に補償することになっています。例外として、抵当権者に対する補償のように個別に見積もりがたい場合は、通常土地所有者に対する補償に含めて行います。

2 金銭補償の原則

損失の補償は、金銭補償が原則ですが、例外として替地による補償や移転の代行による補償などが認められています。

3 当事者主義

損失の補償については、収用委員会は、起業者、土地所有者や関係人が申し立てた範囲内で裁決することになっています。
すなわち、起業者の申立てを下限とし、土地所有者や関係人の申立てを上限として両当事者の申立ての枠内で裁決することになります。

当事者主義の参考例は以下のとおりです。

（例1）起業者9万円、土地所有者11万円、収用委員会認定額8万円

裁決額 9万円

（例2）起業者9万円、土地所有者11万円、収用委員会認定額10万円

裁決額 10万円

（例3）起業者9万円、土地所有者11万円、収用委員会認定額12万円

裁決額 11万円